Nhân khẩu thời Nguyên có điểm đặc trưng, ngay từ thời đế quốc Mông Cổ, dân phương bắc đã không ngừng chạy xuống nam, hiện tượng này đến thời Nguyên Huệ Tông vẫn tiếp tục xảy ra, triều đình Nguyên luôn cấm đoán song không thể chấm dứt được. Trong thời gian đế quốc Mông Cổ chinh phục Tây Hạ, Kim và Nam Tống, quân Mông Cổ thường hay tiến hành đồ sát và cướp bóc trên quy mô lớn[39] Sau đó, do dịch bệnh và mất mùa đói kém nên một lượng lớn nhân khẩu khu vực Đông Á cũng biến mất, trong đó khu vực Hoa Bắc nguyên thuộc Kim và khu vực Xuyên-Thiểm tứ lộ nguyên thuộc Nam Tống hết sức nghiêm trọng. Đây được xem là tai họa thảm khốc nhất trong lịch sử Trung Quốc, cũng là nguyên nhân chính dẫn đến phong trào di dân "Hồ Quảng điền Tứ Xuyên". Sau khi Kim diệt vong năm 1234, khu vực Hoa Bắc ước tính có 1,1 triệu hộ với 6 triệu người, chỉ bằng 13% so với mức 53,53 triệu người vào năm 1208.[40] Trong thời gian chiến tranh Tống-Mông, số người thiệt mạng trong biên cảnh Nam Tống là khoảng 15 triệu người, chủ yếu tập trung tại khu vực Xuyên Thiểm tứ lộ.[41] Sau khi quân Nguyên hoàn toàn tiêu diệt thế lực kháng Nguyên tại Tứ Xuyên vào năm 1279, theo điều tra thì khu vực chỉ còn hơn 9 vạn hộ và hơn 50 vạn người, chỉ bằng 4% so với mức năm 1231 tức trước khi quân Mông Cổ xâm lược Xuyên-Thiểm tứ lộ. Thời Đại Mông Cổ Quốc có 2 lần tiến hành thống kê hộ khẩu, lần thứ nhất là vào năm 1235 khi Oa Khoát Đài Hãn thi hành "Ất Mùi tịch hộ", có tư liệu về nhân khẩu của khu vực Hoa Bắc; lần sau là vào năm 1252 khi Mông Kha Hãn hoàn thành "Nhâm Tý tịch hộ", cho thấy nhân khẩu Hoa Bắc có sự gia tăng ở mức thấp. Năm 1271, Hốt Tất Liệt Hãn cải quốc hiệu thành "Đại Nguyên", kiến lập triều Nguyên. Tuy nhiên, trong thời gian từ thời Nguyên Thành Tông đến những năm đầu Chí Chính thời Nguyên Huệ Tông, chính cục triều Nguyên khổng ổn định, mỗi năm đều phải ứng phó với rất nhiều cuộc khởi nghĩa của nông dân, tuy nhiên về mặt xã hội thì cơ bản có tình trạng ổn định, kinh tế nhìn chung cũng thể hiện tăng trưởng, khiến nhân khẩu gia tăng, theo ước tính vào năm Chí Chính thứ 10 (1351) thì ở mức cao nhất.[42] Những năm Chí Chính (1341-1370) thời Nguyên Huệ Tông, toàn quốc nhiều lần xảy ra mất mùa đối kém và dịch bệnh trên quy mô lớn, cuối cùng bùng phát thành khởi nghĩa Hồng Cân quân, sau cuộc khởi nghĩa này thì nhân khẩu suy giảm rất lớn. Sau khi Minh Thái Tổ kiến quốc có luận: "trong cuộc cách mạng đời trước, tùy tiện tiến hành giết chóc, làm trái ý trời mà hại dân, Trẫm thực không thể nhịn".[43]

Thống kê nhân khẩu vào thời Nguyên không hoàn toàn chuẩn xác, bỏ mất những hộ chạy trốn, đi nương nhờ ở nơi khác. Triều đình không thống kê hộ khẩu của Lĩnh Bắc đẳng xứ hành trung thư tỉnh (vùng Nội Mông-Mông Cổ-nam Siberi), Vân Nam đẳng xứ hành trung thư tỉnh, các cư dân ở những khu vực thổ ty Tây Nam và Tuyên Chính viện (Tây Tạng); nhân khẩu thuộc sở hữu riêng của chư vương, quý tộc, quân tướng Mông Cổ; ngoài "chức sắc hộ kế" ở các châu huyện. Các học giả hiện đại chỉ có thể căn cứ theo số liệu nguyên thủy trong sách sử lưu giữ được để suy đoán, do vậy số liệu có thể sai khác lớn. Hiện tượng nhân khẩu chạy trốn hết sức nghiêm trọng, như vào năm 1241, trong số 1.004.656 hộ có nguyên tịch ở các lộ do Hốt Đô Hổ cai quản, thì có đến 280.746 hộ bỏ trốn, chiếm 28%.[44]

Ngoài ra, mối quan hệ dân tộc ngày càng mật thiết, hiện tượng vãng lai và tạp cư tương đối phổ biến. Từ thời kỳ chiến tranh Mông-Kim, một lượng lớn người Hán không ngừng bị buộc phải dời đến thảo nguyên Mông Cổ hay khu vực nam bắc Thiên Sơn, Liêu Dương đẳng xứ hành trung thư tỉnh và Vân Nam đẳng xứ hành trung thư tỉnh; Các quan viên, quân hộ hay thương nhân người Mông Cổ và Sắc Mục di cư với số lượng lớn đến nội địa Trung Nguyên; khu vực Vân Nam có khoảng trên dưới 10 vạn người Mông Cổ cư trú; các thành thị chính trị như Thượng Đô và [[Đại Đô]], các thành thị thương nghiệp như Hàng Châu, Tuyền Châu, Trấn Giang đều có nhiều người Mông Cổ, người Duy Ngô Nhĩ, người Hồi giáo, người Đảng Hạng, người Nữ Chân hay người Khiết Đan cư trú, giữa các dân tộc có sự giao lưu kinh tế và văn hóa, bang trợ lẫn nhau.[45] Do tỷ lệ người Mông Cổ và người Hán hết sức chênh lệch, văn hóa và chế độ của người Hán cũng ưu việt hơn so với người Mông Cổ, triều đình Nguyên do vậy bảo hộ địa vị của người Mông Cổ, chủ trương Mông Cổ chí thượng chủ nghĩa, thi hành chính sách phân chia chế độ với bốn tầng lớp dân cư: Mông Cổ nhân, Sắc Mục nhân (người Tây Vực và Tây Hạ), Hán nhân (người Hán nguyên thuộc Kim), Nam nhân (người Hán nguyên thuộc Nam Tống). Triều đình Nguyên trao cho Mông Cổ nhân và Sắc Mục nhân quyền lợi rất lớn, bắt Hán nhân và Nam nhân phải chịu thuế và lao dịch nặng, áp bức dân tộc và áp bức giai cấp rất trầm trọng.[46]